Mineralogische Sammlung
In der Mineralogischen Sammlung werden rund 10.000 Objekte aufbewahrt. Sie geht in ihren ältesten Teilen noch auf die erste Hälfte des 19. Jahrhunderts zurück. Vor allem Kurator Andreas Haupt erweiterte die Sammlung Mitte des 19. Jahrhunderts durch Ankauf und Tausch (z.B. Krantz/Bonn) oder durch Geschenke (z.B. Schönlein/Zürich, Berlin). 1858 kaufte er mit privaten Mitteln einen Teil der Sammlung des Herzoglichen Kanzleirats Hardt. Haupt stiftete die umfangreiche Sammlung dem Naturalienkabinett unter der Bezeichnung „Dr. Haupts Sammlung“. Gerade unter diesen Stücken finden sich viele Belege zu Vorkommen des ostbayerisch-böhmischen Grundgebirges, darunter Stufen aus heute längst nicht mehr zugänglichen Anlagen (z.B. Kupferberg).
Eine Lagerstättensammlung mit Belegen aus stillgelegten Abbauen und Fundstellen in Nordostbayern konnte 1990 erworben werden. Sie beinhaltet rund 2000 Einzelobjekte von 55 Lokalitäten.