Die Ausstellungen des unteren Stockwerks beschäftigen sich vorwiegend mit geologischen Themen.

Unsere Schatzkammer bietet einen wunderbaren Einblick in die Welt der Minerale. An Hand charakteristischer und optisch ansprechender Exponate werden unterschiedliche Merkmale, wie Form, Zusammensetzung und Entstehungsarten eindrucksvoll dargestellt und leicht verständlich erläutert. Ein Bereich ist den wichtigsten Mineralarten Nordostbayerns gewidmet. Die Ausstellung eignet sich bestens für eine anschauliche Ergänzung des Naturkundeunterrichts.

Ein weiterer Ausstellungsbereich widmet sich dem Zusammenhang zwischen Geologie und heutigen Geländeformen. Hier erfährt man, wie sich unsere Region zum heutigen Erscheinungsbild der Fränkischen Schichtstufenlandschaft geformt hat und welche Rolle Böden spielen.

Eine kleiner Bereich beschäftigt sich mit den Naturwerksteinen unserer Region – verdeutlicht an den unterschiedlichen Bausteinen des Bamberger Doms.

Im unteren Stockwerk befindet sich ferner der Eingang zum Multimediaraum. Dort gibt es stündlich eine Multimediaschau zu den Kreisläufen der Biosphäre zu sehen.

Diese Etage ist Sonderausstellungen vorbehalten. Momentan ist dort noch bis zum Ende des Jahres die Ausstellung Frankenland am Jurastrand zu sehen. Sie werden staunen über die Ergebnisse unserer Grabungen in einem nahegelegenen Jura-Steinbruch, während derer wir einzigartige Fossilien von Weltrang geborgen haben.

Rechts des Treppenhauses gelangen Sie über eine Klimaschranke in das Herzstück unseres Museums – in den berühmten Bamberger Vogelsaal. Diese einzigartige Raumschöpfung stellt ein original erhaltenes Naturalienkabinett dar, das im Jahr 1791 von Fürstbischof Franz Ludwig von Erthal als Lehreinrichtung der Universität gegründet wurde. Tausende bunter Tierpräparate, vor allem Vögel, eine überaus seltene historische Wachsfrüchtesammlung, Originale der berühmten „Würzburger Lügensteine“ sowie viele andere Kostbarkeiten erwarten Sie hinter den mundgeblasenen Scheiben der vornehmen klassizistischen Schauschränke.

Die gegenüber dem Vogelsaal anschließenden zwei Räume sind Sonderausstellungen vorbehalten.
Den heute in unserer Region lebenden Säugetieren, einschließlich der in historischer Zeit verdrängten Arten Wolf, Luchs und Bär, können Sie in einem anschließenden Flur begegnen.

Vom ansonsten regionalen Charakter des Museums weicht eine Solitärvitrine ab, in der ein präpariertes Quagga präsentiert wird. Ein Quagga ist eine Unterart des Steppenzebras. Gegen Ende des 19. Jahrhunderts wurden die Quaggas, die bis dahin in großen Herden die Steppen Südafrikas bevölkerten, vom Menschen restlos ausgerottet. Heute existieren nur noch 13 präparierte Exemplare in den großen Naturkundemuseen Europas. Das Bamberger Exemplar ist besonders gut erhalten und stellt eines der kostbarsten Sammlungsstücke des Museums dar.
Ein neu hinzugekommener Raum, der vom „Säugetier-Flur“ aus erreichbar ist, beherbergt den neuen museumspädagogischen Erlebnisraum des Museums. Dort werden in Kürze zahlreiche Angebote zu verschiedenen naturkundlichen und naturwissenschaftlichen Themen angeboten werden. Diese einzigartige Raumschöpfung stellt ein original erhaltenes Naturalienkabinett dar, das im Jahr 1791 von Fürstbischof Franz Ludwig von Erthal als Lehreinrichtung der Universität gegründet wurde. Tausende bunter Tierpräparate, vor allem Vögel, eine überaus seltene historische Wachsfrüchtesammlung, Originale der berühmten „Würzburger Lügensteine“ sowie viele andere Kostbarkeiten erwarten Sie hinter den mundgeblasenen Scheiben der vornehmen klassizistischen Schauschränke.