Die Forschungsaktivitäten am Naturkunde-Museum Bamberg basieren zunächst auf der Bearbeitung vorhandener Sammlungen durch externe Wissenschaftler. In diesem Zusammenhang ist in erster Linie die wissenschaftliche Bearbeitung der Schneid`schen Insektensammlung, vor allem der Hautflügler, zu nennen.

Seit zehn Jahren konzentrieren sich die eigenen Forschungen auf die Plattenkalke des oberen Jura (unteres Oberkimmeridgium) von Wattendorf. Die Lokalität liegt rund 20 km Luftlinie von Bamberg entfernt am nördlichen Ende der Obermainalb. Im dort gelegenen Steinbruch der Firma Andreas Schorr GmbH & Co KG. wurden im Jahr 2000 überraschend laminierte Plattenkalke angefahren, wie sie jenen aus dem Gebiet der Südlichen Frankenalb (Solnhofen bis Kelheim) vergleichbar sind. Seit 2004 führt das Naturkunde-Museum jährlich eine vier- bis sechswöchige Grabungskampagne durch, während derer inzwischen rund 4000 Objekte geborgen wurden.

Der Wattendorfer Steinbruch erschließt auf ca. 30 Hektar in einzigartiger Weise die Verzahnung ehemaliger Mikroben-Schwamm-Riffe mit den Schichtsedimenten einer Wannenfüllung. Insofern ist auch die geologische Dokumentation und Interpretation Teil der diesbezüglichen Forschung. Da die anstehenden Plattenkalke die ältesten Oberjura-Plattenkalke Mitteleuropas darstellen, beinhalten sie Fossilien zahlreicher neuer Taxa. Ihnen gilt das Hauptinteresse der wissenschaftlichen Tätigkeit.

Film zum Wattendorfer Flugsaurier: